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중과배제된 취득세 감소분에 대한 농어촌특별세 납세의무는 성립하지 않는다는 조세심판결정 사례

2023.10.30

리츠(REITs), 부동산펀드(REF) 및 PFV의 경우 ‘지방세특례제한법’에 따라 과밀억제권역 내 취득한 부동산에 대하여 취득세 중과세율 적용을 배제하고 있는데, 최근 일부 지방자치단체에서는 위 감소된 취득세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 과세하거나 추징한 사례들이 있었습니다. 그런데, 이번에 김·장 법률사무소가 청구인을 대리하여 진행한 농어촌특별세 납세의무 관련 조세심판 사건에서 ‘지방세특례제한법’에 따라 취득세 중과세율 적용 배제의 특례를 받았다고 하더라도 이는 ‘농어촌특별세법’이 농어촌특별세 납세요건으로 정한 “감면”에 해당하지 않으므로 취득세 감소분에 대한 농어촌특별세 납세의무는 성립하지 않는다는 결정을 받았습니다(조세심판원 2023. 10. 23. 자 결정, 이하 “본건 조세심판결정”). 이에 따라 향후에는 본 이슈가 해소될 수 있을 것으로 전망되며, 상세 내용은 아래와 같습니다.
 

1.

기존 농어촌특별세법상 감면세액에 대한 과세 논란
 

1)

리츠, 부동산펀드 및 PFV 등의 부동산 취득에 대한 취득세 중과세율 적용 배제
 

‘지방세특례제한법’ 제180조의2 제1항은, ‘부동산투자회사법’에 따른 부동산투자회사(리츠(REITs)), ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률’에 따른 부동산집합투자기구(부동산펀드(REF)), ‘조세특례제한법’ 제104조의31 제1항에 해당하는 회사(프로젝트금융투자회사(PFV)) 등이 과밀억제권역 내에서 취득하는 부동산에 대해서 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 취득세 중과세율 적용을 배제(이하 “취득세 중과배제”)하고 있습니다.
 

2)

농어촌특별세법상 감면세액에 대한 과세 논란
 

‘농어촌특별세법’ 제5조 제1항에서는 ‘지방세특례제한법’에 따라 “감면”을 받는 취득세 감면세액(즉, 감면으로 줄어든 만큼의 취득세)의 100분의 20을 농어촌특별세로 과세하도록 규정하고 있는데, 이와 관련하여 기존에 일부 지방자치단체에서는 ‘지방세특례제한법’ 제180조의2 제1항에 따른 취득세 중과배제를 ‘농어촌특별세법’이 정한 “감면”으로 판단하여 취득세 중과배제를 받는 위 투자기구들(리츠, 부동산펀드, PFV)에게 중과배제로 감소된 취득세의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 과세하거나 추징을 한 바 있었습니다.

참고로, 당초 농어촌특별세(국세)에 대한 해석 권한이 있는 기획재정부는 2022. 10. 18. 자 서면 질의회신을 통해 취득세 중과배제는 ‘농어촌특별세법’이 정한 “감면”에 해당하지 않는다고 판단하였는데, 그럼에도 불구하고 여전히 일부 지방자치단체에서는 다른 대법원 판례(예컨대 2023. 3. 16. 선고 2022두66125 판결)나 과세형평을 근거로 들어 취득세 중과배제도 ‘농어촌특별세법’이 정한 “감면”이라고 주장하면서 취득세 중과배제로 인하여 감소된 취득세에 대해서 농어촌특별세를 과세를 한 사례가 상당수 있었습니다.
 

2.

본건 조세심판결정
 

그런데 이번에 조세심판원에서는 취득세 중과배제는 ‘농어촌특별세법’이 정한 “감면”이 아니라는 결정을 내린 바, 대상 결정 중 상기 쟁점과 관련된 구체적인 근거는 (1) 취득세 중과배제 특례는 그 특례의 방식이 ‘농어촌특별세법’ 상 농어촌특별세 부과대상으로 규정한 세액감면 등과 다르고, (2) 취득세 중과배제를 ‘농어촌특별세법’에 농어촌특별세 부과대상으로 명시적으로 규정하고 있지 않은 이상 농어촌특별세를 부과하는 것은 과세요건 법정주의 및 명확성의 원칙에 위배되며, (3) 그간 기획재정부나 행정안전부도 취득세 중과배제시 농어촌특별세 납세의무가 발생하지 않는다고 유권해석을 해왔던 점 등을 들었습니다. 

이는 조세심판원이 내부 검토 끝에 청구인과 그 대리인인 저희 사무소의 주장을 받아들여 내린 결정으로서, 향후 조세심판원에서는 취득세 중과배제로 인하여 감소된 취득세에 대해서는 농어촌특별세를 납부하지 않는 방향으로 일관되게 결정이 이루어질 것으로 예상됩니다. 
 

이상 업무에 참고하시기 바라며, 이미 농어촌특별세를 납부한 리츠, 부동산펀드 및 PFV는 경정청구나 조세불복 등의 절차를 통하여 해당 세액의 환급이나 과세처분의 취소를 받는 것을 추진할 수 있을 것으로 보입니다.

 

[영문] Tax Tribunal Rules No Taxation of “Special Rural Development Tax” on Reduced Portion of Acquisition Tax Through Non-Application of Heavy Taxation

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