기획재정부에서는 2022. 10. 18. 자 서면 질의회신(이하 “본건 질의회신”)을 통하여, “‘지방세특례제한법’ 제180조의2 제1항에 따른 중과세율의 적용 배제는 ‘농어촌특별세법’ 제2조 제1항에 따른 감면에 해당하지 않는다”고 밝혔습니다.

리츠, 부동산펀드 및 PFV 등의 부동산 취득에 대한 취득세 중과세율 적용 배제

‘지방세특례제한법’ 제180조의2 제1항에서는, ‘부동산투자회사법’에 따른 부동산투자회사(리츠), ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률’에 따른 부동산집합투자기구(부동산펀드), ‘조세특례제한법’ 제104조의31 제1항에 해당하는 회사(PFV) 등의 과밀억제권역 내 부동산 취득에 대해서 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 중과세율 적용을 배제(이하 “취득세 중과배제”)하고 있습니다.

농어촌특별세법상 감면세액에 대한 과세 논란

‘농어촌특별세법’ 제5조 제1항에서는 ‘지방세특례제한법’에 따라 감면을 받는 취득세 감면세액(즉, 감면으로 줄어든 만큼의 취득세)의 100분의 20을 농어촌특별세로 과세하도록 규정하고 있는데, 이와 관련하여 기존에 서울특별시 등 일선 지자체에서는 ‘지방세특례제한법’ 제180조에서 정하고 있는 중복 감면의 배제 규정을 근거로 하여 취득세 중과배제를 받는 부동산펀드나 PFV에게 감소된 취득세(즉, 감면 전 취득세와 감면 후 취득세의 차액)의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 과세하거나 추징을 시도한 사례가 있었습니다.

위와 같은 일선 지자체의 입장에 대해서는, (i) 취득세 중과배제가 ‘지방세특례제한법’상 지방세의 특례이기는 하지만 ‘지방세의 감면’은 아니며, (ii) 설령 ‘지방세특례제한법’상 ‘지방세 감면’에 해당한다고 하더라도 ‘농어촌특별세법’ 제2조 제1항에 따른 감면은 아니라는 반론(‘농어촌특별세법’ 제2조 제1항 제3호와 같이 특례세율을 별도로 적용해야 제2조 제1항의 대상인 감면이 될 수 있다는 취지)이 제기되었으나, 2007년에 나온 유권해석(농어촌특별세가 과세되지 않음) 이후 이에 대한 명확한 유권해석이나 법원의 해석은 없는 상황이었습니다.

기획재정부의 질의회신

그런데 이번에 농어촌특별세(국세)에 대한 해석 권한이 있는 기획재정부에서 취득세 중과배제는 ‘농어촌특별세법’ 제2조 제1항에 따른 감면이 아니라는 판단을 함에 따라 이 이슈는 향후 취득세 중과배제로 인하여 감소된 취득세에 대해서는 농어촌특별세를 납부하지 않는 방향으로 정리될 가능성이 높다고 예상됩니다.

위 질의회신에 따라, 취득세 중과배제로 인하여 감소된 취득세에 대해 이미 농어촌특별세를 납부한 리츠, 부동산펀드 및 PFV는 경정청구 등의 절차를 통하여 해당 세액을 환급 받거나 과세처분의 취소결정을 받을 가능성이 높을 것으로 보입니다.