임대주택 합산배제 요건을 완화하기 위하여 ‘종합부동산세법 시행령’이 개정되어 2026. 2. 27. 시행되었습니다(이하 “개정 시행령”). 

기존 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 ‘소득세법’ 또는 ‘법인세법’에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하거나 소유하고 있는 주택만을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 인정하고 있었는데, 개정 시행령에서는 업종 제한을 폐지하여 소득세법 또는 법인세법에 따른 사업자등록만 되어 있어도 종합부동산세 합산배제 임대주택 임대사업자로 인정되도록 완화되었습니다.

이러한 개정 시행령이 시행됨에 따라, 기존 제도상 미비점을 개선하기 위해 임대주택 합산배제 (변동)신고서 등 관련 서식을 개정하기 위한 ‘종합부동산세법 시행규칙’ 개정안도 2026. 3. 3. 입법예고되었습니다.
 

그에 따라 적법하게 임대사업자등록을 하고 실질적으로 주택임대업을 영위하고 있는 경우라면 업종코드의 불일치 등 형식적 미비로 인하여 종합부동산세를 부과받을 여지는 입법적으로 해소되었다고 이해됩니다.

참고로, 위와 같이 사업자등록 요건의 업종 제한을 폐지하는 내용의 ‘종합부동산세법 시행령’ 개정안(이하 “최초 시행령 개정안”)은 재정경제부가 2026. 1. 16. 발표한 ‘2025년 세제개편 후속 시행령 개정’ 보도자료를 통하여 처음 공개되었고, 그 이후 법제처 심사 및 부처간 협의 등을 거쳐 2026. 2. 25. 국무회의에서 의결된 시행령안이 2026. 2. 27. 공포 및 시행되었습니다. 최초 시행령 개정안과 비교하였을 때, 2026. 2. 27. 최종 시행된 개정 시행령은 아래와 같은 점에서 차이가 있습니다.
 

• [최초 시행령 개정안] 시행령 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용

• [개정 시행령] 시행령 시행일 이후 신고, 결정, 경정하는 분부터 적용
   

즉, 최초 시행령 개정안과 비교하여 개정 시행령에서는 완화된 사업자등록 요건의 적용시기가 ‘시행령 시행일 이후 신고, 결정, 경정하는 분부터 적용’되는 것으로 확대된 바, 추후 납세의무가 성립하는 종합부동산세 뿐만 아니라 이미 과세가 이루어진 종합부동산세에 대하여서도 일정 기간 내에는 개정 시행령을 근거로 경정청구(자진신고 납부의 경우) 및 불복(부과고지의 경우) 절차를 진행할 수 있을 것으로 보입니다. 예컨대 2025년 종합부동산세를 2025년 12월 중순에 부과 고지 받은 임대사업자라면 부과고지일로부터 90일 이내인 2026년 3월 중순까지 불복을 할 수 있습니다.