기획재정부와 행정안전부는 각각 2019. 7. 25. 및 2019. 8. 14. 세법 개정 정부안을 발표하였습니다.

기획재정부가 발표한 이번 세법개정안은 입법예고기간을 거쳐 2019. 8. 27. 국무회의에 상정되었다가 9월 초 정기국회에 제출되었고, 행정안전부가 발표한 세법개정안도 2019. 9. 24. 국무회의 의결 등을 거쳐 9월 말 정기국회에 제출되었습니다. 국회는 일반적으로 12월 중 본회의 의결로 세법 개정사항을 최종 확정하는데, 일부 구체적인 내용은 국회 논의 과정에서 변경이 이루어질 수 있으며, 개정된 세법은 대부분 2020. 1. 1.부터 시행될 것으로 예상됩니다.

주요 개정사항은 다음과 같습니다.

1.   국제조세
 

• 우회거래에 대한 입증책임 분배 합리화 (‘국제조세조정에 관한 법률’ 제2조의2제4항 및 제5항 신설)
  
  국제적 조세회피 의심 거래에 대한 입증책임 분배 기준을 명확히 하여 과세 실효성을 제고하고자, 우회거래를 통해 국내 조세부담이 대통령령으로 정하는 비율(예: 50%) 이상으로 현저히 감소하는 경우, 납세의무자가 해당 우회거래에 정당한 사업목적이 있다는 사실 등 조세를 회피할 의도가 없음을 입증하지 않으면 조세조약 및 국제조세조정에 관한 법률 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 보아 실질과세가 적용됩니다.
  
  본 개정사항은 2020. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용됩니다.

2.   법인세 및 부가가치세
 

• 금융기관의 원천징수대상채권등에 대한 원천징수의무 명확화 (‘법인세법 시행령’ 제111조제1항, 2019. 7. 1. 법인세법 시행령 개정사항)
  
  금융기관 등에게 원천징수대상채권등의 이자 등을 지급하는 경우에 적용되는 원천징수의무 관련 규정을 명확히 하고자, 투자회사와 자본확충목적회사를 제외한 금융기관 등에게 원천징수대상채권 등(만기 1개월 이내의 전자단기사채는 제외)의 이자 등을 지급하는 자에게 원천징수의무를 부여합니다.
  
  본 개정사항은 2019. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용됩니다.
   

• 지주회사 설립·전환 시 현물출자 등의 과세특례 조정 (‘조세특례제한법’ 제38조의2)
  
  현물출자 등 과세특례 제도를 유지하되 과세 방식을 변경하고자, 현물출자 등에 따른 양도차익에 대한 법인세를 4년 거치 3년 분할 납부 방식으로 조정하였습니다.
  
  본 개정사항은 2022. 1. 1. 이후 2024. 12. 31.까지 현물출자하거나 주식을 교환하는 분부터 적용됩니다.
   

• 공제하지 아니하는 매입세액의 범위 명확화 (‘부가가치세법’ 제39조제1항)
  
  납세자와 과세당국간 마찰 해소 및 납세 부담을 완화하고자, 세금계산서 필수적 기재사항의 부실 기재에 따른 매입세액 불공제 규정에 대한 단서를 추가하였습니다.
  
  본 개정사항은 2020. 1. 1. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용됩니다.
   

3.   국세기본법 및 기타
 

• 원천징수대상 비거주자 및 외국법인의 경정청구권 일원화 (‘국세기본법’ 제45조의2, ‘법인세법’ 제98조의4 및 제98조의6, ‘소득세법’ 제156조의2 등)
  
  비거주자·외국법인의 경정청구 제도를 일원화하고 과세관청의 입증책임 부담을 완화하고자, 국세기본법에 규정되어 있는 원천징수 대상 비거주자 및 외국법인의 경정청구권 규정을 삭제하면서 법인세법 및 소득세법상 경정청구권 규정으로 일원화하고, 원칙적으로 경정청구권자가 입증책임을 부담하는 것으로 변경됩니다.
  
  법인세법 및 소득세법에 따른 경정청구 대상에 당초 제한세율 적용을 받지 못한 경우뿐 아니라 적용된 제한세율에 오류가 있는 경우를 추가하고, 국세기본법상 후발적 경정청구 사유(예: (1) 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때, (2) 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경하는 결정 또는 경정이 있을 때)가 발생한 경우에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정청구를 허용하는 규정을 신설하였습니다.
  
  본 개정사항은 2020. 1. 1. 이후 지급하는 소득 분부터 적용됩니다.
   

• 비상장주식 등에 대한 증권거래세율 인하 (‘증권거래세법’ 제8조)
  
  주식투자자의 거래 비용을 경감하고자, 비상장 주식의 양도 및 상장주식의 장외거래에 대한 증권거래세율이 0.45%로 변경됩니다.
  
  본 개정사항은 2020. 4. 1. 이후 주식을 양도하는 분부터 적용됩니다.
   

4.   지방세기본법
 

• 지방세 행정심판 전치주의 도입 (‘지방세기본법’ 제89조 등)
  
  국세·지방세간 불복절차의 통일성 제고 및 납세자의 불필요한 소송을 예방하고(필요적 전치주의 도입), 불복심사에 대한 전문성·독립성을 강화하고 불복체계를 간소화(심사청구제도 폐지)하고자, 조세심판원(혹은 감사원) 심판(심사)청구를 반드시 거쳐야만 행정소송을 제기할 수 있는 것으로 변경되고 시·도 심사청구제도는 폐지됩니다.
  
  본 개정사항은 2021. 1. 1. 이후 불복청구 신청하는 분부터 적용됩니다.