김·장 법률사무소는 100% 모자관계에 있는 특수관계법인 간 장기간의 토지임대차 관계에서 지급된 변동임료 방식의 토지임대료의 적정성이 문제된 사안에서, 동 임대차관계의 특수성을 고려할 때 과세관청이 적용한 ‘구 법인세법 시행령’ 제89조제4항제1호에 따라 계산되는 금액을 ‘법인세법’상 ‘시가’로 판단하기 어렵다는 납세자 승소 판결을 이끌어냈습니다.

이 사건에서 A사는 100% 자회사인 B사가 소유한 토지를 임차하여 건물을 신축하고 건물임대사업을 영위했습니다. 양사는 임대차 기간을 건물의 사용연한(50년)으로 정하였고, A사는 B사에게 고정된 토지임대료를 지급한 것이 아니라, A사가 건물을 임대하여 얻게 되는 수익의 일정비율(즉, A사가 부담한 건물의 신축비와 B사가 부담한 토지가액으로 안분)을 토지임대료 명목으로 B사에 지급하는 변동임료 방식으로 지급하였습니다. 

과세관청은 A사가 특수관계에 있는 B사에 지급한 토지임대료는 ‘법인세법 시행령’ 제89조제4항제1호에 의해 계산되는 ‘시가’를 초과하여 부당하게 지급한 것으로 보아 그 초과분을 손금불산입하였습니다.

이 사건에서는 양사의 임대차관계 및 거래내용의 특수성을 고려했을 때 과세관청이 제시하는 규정이 일반적이고 정상적인 거래에서 형성될 수 있는 ‘시가’를 산정하기에 적절한 규정인지, 그리고 건물임대수익의 일부를 토지임대료로 안분하여 지급하는 형태의 임대차관계에 경제적 합리성이 인정되는지가 문제되었습니다. 

1심 법원(서울행정법원)은 피고의 주장에 따라 ‘법인세법 시행령’ 제89조제4항제1호는 시가가 불명확한 경우 시가를 의제하는 규정이므로 그에 따라 시가를 산정해야 하고, 임대료 등의 수익을 사전에 정한 비율에 따라 분배하기 위해서는 정식으로 조합체를 구성해야 한다는 취지에서 원고의 청구를 기각하였습니다. 

그러나 2심 법원(서울고등법원)은 A사와 B사 간의 거래에 대하여 피고가 주장하는 규정에 따라 계산되는 금액이 ‘법인세법’ 상 ‘시가’에 해당한다고 단정하기 어렵고, 또 정식으로 조합체를 구성하지 않았더라도 양 당사자들이 투자비율에 맞는 금액에 따라 수익을 안분하는 형태로 임대료를 책정한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 보기 어렵다고 판단하였습니다. 이는 대법원에서 심리불속행 기각 판결로 확정되었으며, 저희 사무소는 A사를 대리하여 승소 결과를 이끌어냈습니다.

이 사건은 특수관계회사 사이의 거래에 있어서 (1) 건물의 사용연한 동안 토지의 사용수익권을 보장하는 특수한 사정이 있는 임대계약의 경우 ‘법인세법 시행령’의 토지임대료 시가 규정을 그대로 적용할 수 없고, 과세관청이 별도의 시가를 증명해야 하며, (2) 공동사업을 영위하지 않는 특수관계회사들이 거래 전체에서 발생하는 총이익을 투자비율로 안분하여 변동임료 방식을 통해 양사간에 배분하는 경우, 양사가 상호간에 부가적인 이익을 부여하는 것으로서 경제적 합리성이 있는 거래이고 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않는 것으로 판단했다는 점에서 선례적 의미를 지니고 있습니다.