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2026년 세제개편안, 에너지 전환 분야 세제지원 확대 - 국내생산세액공제 신설과 국가전략기술 ‘미래형 에너지’ 분야 확대 개편을 중심으로 -

2026.10.07

2026년 8월 3일 재정경제부는 ‘2026년 세제개편안’을 발표하였습니다. 이번 개편안의 법인세제 부문은 녹색전환 및 경제안보 차원에서 전략적 중요성이 높은 산업의 국내 생산기반을 확충하는 데 초점을 두고 있습니다. 그 지원 대상에는 반도체·이차전지·AI 등과 같이 기존에도 전략산업으로 다루어져 온 분야가 포함되어 있으나, 특히 태양광·풍력·원자력 등 에너지 분야가 새롭게 부각되고 있다는 점이 눈에 띕니다. 최근 지정학적 분쟁과 공급망 리스크가 반복되면서 국내에 에너지 생산 기반을 확보하려는 흐름이 전 세계적으로 가속화되고 있다는 점도 이러한 정책 방향의 배경으로 볼 수 있습니다.
 
본 뉴스레터에서는 기업들이 탄소중립 및 에너지전환과 관련된 세제지원 변화에 미리 대비할 수 있도록, (I) 국내생산세액공제 신설과 (II) 국가전략기술 중 ‘수소’ 분야의 ‘미래형 에너지’ 분야로의 확대 개편의 내용을 중점으로 안내해 드리겠습니다.
 
현재 세제개편안은 9월 3일 정기국회에 제출되었으며, 심의과정을 거쳐 통상 12월 본회의 의결로 확정됩니다. 2027년 1월 1일 시행이 예상되는 이번 개편안도 국회 논의 과정에서 일부 변경될 수 있으며, 세부 내용은 하위법령(시행령·시행규칙)에서 정해질 예정입니다.
 

1.

국내생산세액공제 신설
 

(1)

신설 취지

재정경제부는 녹색전환과 경제안보 차원에서 전략적 중요성이 높은 산업 중 국내 생산기반이 취약한 품목을 지원하기 위하여 국내생산세액공제 제도를 신설한다고 밝혔습니다. 우리나라는 기후위기 대응을 위해 녹색전환 추진이 시급하고, 보호무역 확산 및 지정학적 리스크 등으로 경제안보의 중요성이 커지고 있다는 점이 제도 신설의 배경으로 제시되었습니다. 또한 기존 통합투자세액공제는 시설투자(CapEx)에 대한 지원에 집중되어 있어 생산운영비(OpEx) 비중이 상대적으로 큰 산업에는 지원 효과가 제한적이었다는 문제의식이 반영되어, 생산량에 기초하여 세액공제하는 새로운 지원 체계가 마련되었습니다.
 

(2)

신설 내용
 

(지원분야 및 적격품목) 지원 분야는 전문가 및 관계부처 평가 등을 거쳐 중요성·유망성·필요성[1]을 모두 충족하는 분야로 선정되었습니다. 이러한 기준에 따라 태양광발전, 풍력발전, 이차전지, 반도체, 핵심소재, AI로봇부품의 6개 분야가 선정되었으며, 구체적인 적격품목은 조세특례제한법 시행령에서 규정될 예정입니다.
 
(적용요건) 내국인(거주자 또는 내국법인)이 적격품목을 국내에서 직접 생산하고 직접 판매하는 경우에 적용됩니다. 국내 생산 요건과 국내 판매 요건은 아래와 같이 큰 틀이 제시되었으나, 세부 내용은 대통령령에서 규정될 예정입니다.
 

국내생산요건 (①+②)

국내판매요건 (①~④ 모두 충족)

① 핵심공정을 국내에서 수행하고, 적격 생산비용 중 국내지출 비중이 일정 비율 이상일 것

② 생산에 직접 사용된 사업용 유형자산이 통합투자세액공제를 받지 않을 것

① 공급장소가 국내일 것

② 생산된 과세연도 또는 다음 과세연도에 판매될 것

③ 판매상대방이 특수관계인인 경우 사업목적으로 거래한 사실을 확인하는 서류를 제출할 것

④ 중고품이 아닐 것

 

(적용시기 및 공제금액) 이 제도는 2027년 1월 1일 이후 생산·판매분부터 적용되며, 2036년 12월 31일까지 10년간 한시 운영됩니다. 공제금액은 적격품목 생산량에 적격품목별 기준공제액을 곱한 금액에 생산지역별 지방우대계수를 반영하여 산정되며, 공제기간 마지막 3년은 공제액이 75%→50%→25%로 단계적으로 축소됩니다. 이에 대한 공제한도는 아래와 같으며, 기준공제액을 포함한 구체적인 산정방식은 생산비용 등을 고려하여 향후 시행령에서 정해질 예정입니다.
 

국내생산세액공제 공제한도: Min(①,②)

① 해당 과세연도 적격 생산비용의 50%

② (적격품목 생산에 직접 사용된 사업용 유형자산 투자누계액의 50%) - (직전 과세연도까지 국내생산세액공제를 받은 금액)

 

(적용배제 등 기타사항) 통합투자세액공제 적용 시설 생산분과 수도권과밀억제권역 생산분은 국내생산세액공제가 적용배제됩니다. 다만 2026년 12월 31일 이전에 통합투자세액공제를 적용받은 납세자는 이를 취소하고 국내생산세액공제로 전환 신청할 수 있는 특례가 마련되어 개편안을 적용받을 수 있습니다. 또한 기존 세액감면과는 중복배제되고, 이월공제(10년) 및 최저한세 적용대상에 포함됩니다.
 

2.

국가전략기술 ‘수소’ 분야를 ‘미래형 에너지’ 분야로 확대 개편
 

(1)

현행 제도 및 개정 취지
 

국가전략기술 및 관련 시설에 대한 연구개발(R&D) 세액공제율과 통합투자 세액공제율은 일반기술 및 신성장·원천기술보다 높게 설정되어 있습니다.[2] 현재 국가전략기술은 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 운송 및 이동수단, 바이오의약품, 인공지능의 8개 분야, 81개 기술, 64개 시설로 구성되어 있습니다. 이번 개편안은 최근 지정학적 리스크 및 공급망 불확실성이 심화됨에 따라 에너지 자립의 중요성이 커지고 있고, 글로벌 초격차 성장동력 확보를 위한 3대 메가프로젝트 이행을 뒷받침하기 위해서도 안정적 에너지원 확보가 긴요하다는 점을 개정 취지로 제시하였습니다.
 

(2)

개정 내용
 

이번 개편안은 기존 ‘수소’ 분야를 ‘미래형 에너지’ 분야로 확대 개편하는 내용을 담고 있습니다. 이에 따라 국가전략기술은 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 미래형 에너지, 미래형 운송 및 이동수단, 바이오의약품, 인공지능의 8개 분야로 재편성될 예정입니다. 세부 기술 및 시설의 예시로는 소형모듈원전(SMR, Small Modular Reactor)·초소형모듈원자로(MMR, Micro Modular Reactor) 관련 기술·시설이 제시되었으며, 구체적인 세부 기술·시설은 하반기 중 연구용역, 업계 및 관계부처 협의, 전문가 평가 등을 거쳐 선정될 예정입니다. 이 개편 사항은 2027년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비용 또는 투자분부터 적용되며, 확정된 세부 기술은 향후 대통령령에서 규정됩니다.
 

3.

시사점
 

이번 개편안은 풍력 고정가격계약 경쟁입찰 등 정부의 에너지 분야 주요입찰에서 국내 투자, 고용창출도 등 국내 경제 기여도, 기자재 소재 공급망 구축 기여 등 산업생태계(국내 경제·공급망) 기여도에 대한 배점을 높이고 있는 것과 궤를 같이하는 것으로서, 특히 태양광발전, 풍력발전, 이차전지, SMR 등 신·재생에너지 관련 생산 및 판매사업을 영위하거나 이를 계획 중인 기업이라면 국내생산세액공제 및 국가전략기술 세액공제 확대 개편의 적용 가능성과 요건을 미리 점검해 두고 국내 생산설비 개발 또는 확충 계획의 수립에 이를 고려할 필요가 있습니다.
 
특히, 기술 중심의 사업은 정책적 인센티브와 결합될 때 그 실효성이 더욱 강화될 수 있으므로, 그 동향을 지속 모니터링할 필요가 있습니다. 작년 세제개편 역시 경제 대도약 지원을 위한 과제로 미래 전략 산업에 대한 지원 강화를 전면에 내세우면서, 그 핵심 수단으로서 국가전략기술과 신성장·원천기술의 범위를 대폭 확대했고, 여기에 기후기술이 다수 추가된 바 있습니다. 정부는 매년 이러한 지원 범위를 확대하고 있는 만큼, 높은 공제율에 상응하는 엄격한 요건 입증과 사후 검증에도 미리 대비하는 정교한 실행 전략이 필요할 것으로 보입니다.
 
앞서 안내 드린 대로, 이번 개편안은 아직 확정된 법률이 아니며, 향후 국회 심의 과정에서 내용이 변경될 수 있고 구체적인 사항은 하위법령에서 정해질 예정이므로, 향후 국회 본건 개정안 심사 경과 및 시행령 등 하위 규정 제정 동향을 지속적으로 모니터링할 필요가 있을 것입니다.

 


[1]   지원분야 선정기준: (중요성) 녹색전환 및 경제안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고, 국민경제 전반에 중대한 영향, (유망성) 현재 수익성 부족하나 시장전망, 기술발전 속도 등 감안 시 경쟁력 유지·발전 필요, (필요성) 국내 생산기반 취약, 투자금액 대비 생산비용 상대적으로 크고, 국내수요로 수익성 확보 가능
[2]   연구개발공제율(%): (일반) 2~25 (신성장원천기술) 20~40 (국가전략기술) 30~50
투자세액공제율(%): (일반) 1~10 (신성장원천기술) 3~12 (국가전략기술) 15~30

 

[영문] 2026 Tax Reform Proposal: Expansion of Tax Incentives for the Energy Transition

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