1.

수사권과 기소권을 분리하는 형사사법제도 개편

2026. 10. 2. 검찰청이 폐지되고 기소를 전담하는 공소청과 중대범죄 수사를 전담하는 중대범죄수사청(이하 ‘중수청’)이 각각 출범할 예정입니다. 이러한 내용의 공소청법과 중수청법이 각각 2026. 3. 20. 및 2026. 3. 21. 국회 본회의를 통과하고, 2026. 3. 24. 국무회의를 거쳐 공포되었습니다.

이러한 형사사법제도 개편의 핵심은 기존에 검찰이 동시에 보유하고 있던 수사권과 기소권을 조직적으로 분리하는 데 있습니다. 공소청법에 따른 공소청 검사의 주된 권한과 직무는 공소 제기 여부에 관한 결정 및 그 유지에 필요한 사항, 영장 청구에 관하여 필요한 사항, 범죄수사에 관한 사법경찰과의 협의·지원에 국한되고, 경찰, 중수청, 고위공직자범죄수사처, 관세청 등 여러 수사기관 소속의 사법경찰 또는 특별사법경찰에 대해 수사지휘 권한은 보유하지 않을 것으로 예상됩니다. 
 

2.

공소청의 권한 및 기능, 특별사법경찰 수사지휘권 폐지

이러한 이번 개편 내용 중 관세수사행정에 가장 직접적인 영향을 미치는 변화는, 특별사법경찰에 대한 공소청 검사의 수사지휘권 폐지를 들 수 있습니다.

현행 검찰청법 제4조 제1항 제2호는 검사의 직무와 권한 중 하나로 범죄수사에 관한 특별사법경찰관리에 대한 지휘·감독을 규정하고 있고, 현행 형사소송법 제245조의10 제2항은 특별사법경찰은 모든 수사에 관하여 검사의 지휘를 받는다고 규정함으로써 검사의 특별사법경찰에 대한 수사지휘권을 부여하고 있습니다. 

그동안 관세법에 따라 관세범의 조사 업무에 종사하는 세관공무원은 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률에 따라 관세법, FTA 특례법, 대외무역법, 외국환거래법, 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률, 범죄수익은닉의 규제 및 처벌 등에 관한 법률, 식품위생법, 화장품법, 의료기기법 위반 등 다양한 유형의 범죄에 대해 특별사법경찰관리로 지정이 되어 검사의 지휘를 받아 수사를 하였습니다. (사법경찰직무법 제5조 제17호, 제6조 제14호 참조)

그런데, 공소청법은 제4조에서 공소청 검사의 직무와 권한을 규정하면서 제3호로 범죄수사에 관한 사법경찰관리와의 협의·지원을 규정하고 있을 뿐 특별사법경찰관리에 대한 지휘·감독을 포함하지 않고 있고, 공소청법 제56조 제1항, 제2항은 공소청 검사와 특별사법경찰의 관계를 수사지휘 관계가 아니라 협력 관계로 규정하고 있습니다. 최근 이러한 내용의 공소청법에 맞춰 검사의 특별사법경찰에 대한 수사지휘권을 규정하고 있는 현행 형사소송법 제245조의10 제2항을 삭제하는 내용의 형사소송법 개정안이 발의되었습니다.

따라서, 특별사법경찰관리로서 관세사범을 수사하는 세관공무원이 검사의 수사지휘를 받지 않고 독립적으로 수사를 하는 방향으로 실무가 변화될 것으로 보입니다. 
 

3.

관세청 수사체계 변화

이번 개편으로 공소청 검사의 특별사법경찰에 대한 수사지휘권이 폐지되면, 관세수사를 담당하는 관세청 소속 특별사법경찰의 수사체계에도 변화가 불가피할 것으로 보입니다. 

관세청은 기존 수사 단계부터 검찰로의 고발송치 단계에 이르기까지 검사로부터 수사지휘를 받던 관계에서 수평적으로 공조하는 관계가 됨으로써 혐의 유무에 대한 자체적인 판단에 따라 무혐의 종결, 고발송치 여부 등을 결정할 수 있게 되어 권한과 역할이 커지는 한편, 관세청 특별사법경찰이 수사를 담당하는 범죄혐의가 밀수출입, 관세포탈, 부정감면·환급, 외국환거래법 위반, 마약류, 무역안보 등으로 광범위한 만큼 검사 수사지휘권 폐지에 따른 부실·과잉 수사 등으로 인한 국민 피해가 발생하지 않도록 수사 역량을 강화하여야 하는 과제를 안게 되었습니다.

특히, 관세청은 올해 2월 관세청에 무역안보조사팀, 부산세관과 인천세관에 무역안보조사과를 신설하여 수사부서와 인력을 지속적으로 확충하는 등 이번 수사체계 변화에 발빠르게 대응하는 것을 핵심 과제로 삼고 있습니다.

그러한 노력의 일환으로 관세청은, 
 

(1)

서울·부산·인천공항·인천세관 등 주요 본부세관에 법률전문가로 하여금 관세청 특별사법경찰이 수사한 사건의 공소청 송치 전 단계에서의 법리 검토 및 절차 적법성 점검을 수행하는 방안, 

(2)

관세청 특별사법경찰의 수사에 관해 학계·법조계·형사·인권 분야 전문가로 구성된 상시적이고 체계적인 자문 제도를 마련하는 방안, 

(3)

관세청 내부에 수사의 일관성과 책임성을 강화할 수 있는 부서 설치 방안, 그리고

(4)

본부세관별 범칙조사 심의위원회 기능을 확대하고 사건관계인의 이의제기 심의 절차를 보다 투명하게 제도화하는 등 여러 내부 정비 움직임을 보이고 있습니다.
 

4.

시사점 – 관세청 특별사법경찰 수사에 대한 기업들의 대응 전략

현재 공소청, 중수청 출범과 수사체계 변화에 따른 형사소송법 개정 방향에 관해 여러 논의가 이어지고 있고, 향후 새로운 형사절차에 따른 실무 운영 상황을 더 지켜볼 필요가 있습니다.

그러나, 올해 10월부터 시행될 이번 수사기관 및 형사사법제도 개편은 관세청 수사체계에도 전례 없는 변화를 가져올 것으로 예상됩니다. 이번 개편에 따라 관세청 특별사법경찰은 검사의 수사지휘를 받지 않는 독립된 수사기관으로 역할을 하게 되고, 수사 개시, 무혐의 종결 또는 고발송치 여부 등을 자체적으로 결정하여야 하는 권한을 갖게 되어, 관세청 수사를 받는 업체 입장에서는 이러한 변화된 수사체계에 대한 제대로 된 이해를 바탕으로 세관 수사에 대응을 할 필요가 생겼습니다.

한편, 검사의 특별사법경찰관리에 대한 수사지휘권은 폐지되지만, 여전히 압수수색·구속영장 청구 단계에서 공소청 검사의 의견이 관세청 수사 방향에 중요한 변수로 작용할 것으로 예상됩니다. 나아가 세관이 사건을 공소청으로 기소의견으로 고발 혹은 송치하더라도 기소 여부는 공소청 검사의 결정 사항이므로, 적법절차, 영장주의, 엄격한 증명, 위법수집증거배제 등 형사사법체계의 중요한 원리에 입각하여 공소청 절차에 대응하는 것 역시 과거보다 더 중요해질 것으로 보입니다. 특히, 이번 형사소송법 개정 방향에 따라 정해지겠지만 공소청 검사의 보완수사권이 인정되지 않거나 극히 예외적으로만 인정될 경우 공소청 검사는 관세청의 수사 내용만을 토대로 공소 제기 여부 등을 결정해야 하는 관계로 공소청에 대한 대응 전략이 기존 검찰청에 대한 대응 전략과 달라질 수밖에 없는 등 실무상 여러 변화가 예상됩니다. 

그리고, 이러한 중대한 변화들을 수반하는 이번 개편이 안착되기까지의 과도기에는 형사절차의 불확실성이 증가함에 따라 수사 대응의 난이도가 상승하고, 예측 가능성도 낮아지는 현상으로 이어질 수 있습니다.

따라서, 앞으로 세관 수사를 받게 되는 기업의 입장에서는, 새로운 관세청 수사 조직과 실무, 그리고 세관, 공소청, 법원의 재판으로 이어지는 관세형사 분야 전반에 대한 높은 이해를 바탕으로, 사건 종결 시까지 각 형사사법절차 단계에서 예측하지 못한 억울한 일이 발생하지 않도록 단계별로 맞춤형 대응을 할 필요가 있습니다.

주지하다시피, 변호사-의뢰인 간 비밀유지권(Attorney-Client Privilege)을 정한 변호사법 제26조의2가 2026. 2. 19. 신설되었고, 2027. 2. 20. 시행될 예정이며, 이러한 비밀유지권은 그 시행 이전에 이루어지거나 작성된 의사 교환 내지 자료에 대해서도 소급 적용됩니다. 따라서, 변호사와 진행한 사전 점검 및 대응 관련 의사소통 내지 업무 결과물은 이후 관세조사, 수사, 소송 과정에서 제출을 거부할 수 있다는 점도 세관에 대한 검사 수사지휘권 폐지 및 관세형사 분야의 리스크 점검과 관련하여서 주목할 필요가 있습니다. 이와 같이 향후 관세형사 분야에 특화된 전문성을 충분히 갖춘 법률전문가의 조력을 받는 것이 더 중요해질 것으로 보입니다.