최근 장애인고용부담금이 법인세법상 손금에 산입되는 공과금에 해당하는지 여부와 관련하여 중요한 대법원 판결(대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결)이 선고되었습니다. 본 뉴스레터에서는 이번 판결의 주요 내용과 실무상 시사점에 대해 안내해 드리고자 합니다.

그동안 기업들은 구 장애인고용촉진 및 직업재활법(이하 “구 장애인고용법”) 제33조에 따른 장애인고용부담금이 구 법인세법(2024. 12. 31. 개정 전, 이하 “구 법인세법”) 제21조제5호의 손금불산입 대상 공과금이라는 기획재정부의 유권해석에 따라, 장애인고용부담금을 손금불산입하여 법인세를 신고·납부해 왔습니다. 그러나 대상판결은 기획재정부 유권해석에도 불구하고, 장애인고용부담금이 구 법인세법 제21조제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않으므로, 손금산입 대상이라고 판단하였다는 점에서 의미가 큽니다.

구 법인세법 제21조제5호는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있습니다.

이에 대해 기획재정부는 구 장애인고용법 제33조에 따라 납부하는 장애인고용부담금은 구 법인세법 제21조제5호에 따른 공과금(의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금)에 해당하므로, 동 예규 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고·납부하는 분에 대해서는 이를 손금불산입하도록 해석한 바 있습니다(기획재정부 법인세제과-145, 2018. 2. 21.).

이 사건의 원고들은 법인세 신고 시에는 장애인고용부담금을 손금불산입하여 법인세를 신고·납부하였습니다. 이후 원고들은 장애인고용부담금이 구 법인세법 제21조제5호에 따른 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않으므로 손금에 산입되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였습니다. 과세관청은 이에 대하여 장애인고용부담금이 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하였고, 원고들은 이에 대한 거부처분의 취소를 구하는 조세불복절차를 진행하였습니다.

이에 대하여 대법원은 장애인고용부담금이 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에는 해당한다고 볼 수 없어, 결과적으로 구 법인세법 제21조제5호가 손금불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고 볼 수 없다고 판단하였습니다. 

대법원은 그 판단의 구체적 근거로 ① 공과금이 위 규정의 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석되어야 하는 점, ② 장애인고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 속성을 지니는 점, ③ 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 대표적인 경우인 벌금 및 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 존재를 부과요건으로 하는 반면, 장애인고용부담금은 고의 또는 과실 등 책임요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생하는 것인 점 등을 상세하게 설시하였습니다.

대상판결에 따라, 그동안 장애인고용부담금을 손금불산입하여 법인세를 신고·납부한 기업은 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년) 내에 법인세에 대하여 경정청구를 통해 환급받는 방안을 검토할 수 있습니다. 또한, 대상판결이 상세히 설시한 법리는 기업들이 부담하는 각종 부담금에 대한 손금산입 여부의 판단에도 참고가 될 수 있을 것입니다.

다만, 대상판결에서 문제 된 법인세법 제21조제5호는 2024. 12. 31. 개정에 따라 그 문언이 아래와 같이 개정되었다는 점에서 유의할 필요가 있습니다.
 

대상판결은 장애인고용부담금이 ‘법령에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로’ 부과되는 공과금이라는 점 자체는 인정하면서도, 그것이 ‘제재로서 부과되는 공과금’은 아니라고 판단하였는데, 2024. 12. 31. 개정된 법인세법은 ‘제재로서’라는 부분을 삭제하고 ‘이유로’라는 문언으로 개정하였습니다. 따라서 개정된 법인세법 제21조제5호가 시행된 2025. 1. 1. 이후부터는 위 대법원 판결의 논리에 따르더라도 장애인고용부담금이 손금불산입 대상이라고 판단될 것으로 보여집니다.

특히 대상 판결 선고 이후 재정경제부는 장애인고용부담금은 구 법인세법 적용 시 손금불산입 대상 공과금에는 해당하지 않으나, 2024. 12. 31. 개정 법인세법 적용 시에는 제21조제5호에 따른 공과금에 해당하여 손금불산입 대상이라고 해석을 한 바(재정경제부 법인세제과-415, 2026. 5. 29.), 장애인고용부담금을 납부하는 법인의 경우 법인 세무 처리에 유의할 필요가 있습니다.