1.

정기 관세조사 기조 지속

팬데믹 이후 관세청은 해마다 약 200개 이상의 기업을 선정하여 정기적으로 관세조사를 수행해 왔습니다. 2026년에도 관세청은 본부세관 주도의 관세조사를 지속적으로 강화한다는 방침을 유지하는 것으로 알려져 있습니다. 따라서 기업들은 관세청의 관세조사가 일정 기간 단위로 정기적으로 이루어지는 것을 염두에 두고 관세 컴플라이언스 이슈들을 관리해야 합니다.
 

2.

데이터 기반 위험평가 고도화와 조사대상 선정

2025년 과세가격 신고자료 일괄제출 제도 도입 이후, 관세청은 신고 단계에서 확보한 과세자료를 기반으로 데이터 기반 위험평가를 고도화하고 있습니다. 이렇게 데이터 기반 위험평가가 본격화되면서, 과거 신고 패턴, 업종별 벤치마킹, 특수관계 거래 비중 등 다각도 분석을 통해, 관세청 시각에서 다음과 같은 고위험 관세 이슈가 있는 기업들은 심사 대상으로 선정될 가능성이 높습니다.
 

1)

특수관계자 간 거래가격 적정성

2)

권리사용료 (로열티) 과세가격 산입 여부 및 범위

3)

TP adjustment 매커니즘

4)

생산지원 용역 및 하자보증비용 간접지급 여부

5)

고환율 환경에서 외환 이슈

6)

국민건강 및 산업안전 관련 수입요건
 

3.

고환율 환경과 외환 이슈 정밀 검토

관세청의 관세조사에서는 통상 외국환거래법 compliance 상태를 점검하는 외환검사가 수반됩니다. 고환율 환경이 지속되는 가운데, 세관은 관세조사 과정에서 수입대금 결제통화, 환차익·환차손 처리, 장·단기 외화차입 등 외환 관련 거래 구조와 회계처리를 더욱 정밀하게 점검할 가능성이 큽니다. 특히 다음과 같은 사항이 집중 검토될 것으로 예상됩니다.
 

1)

수입대금 결제 시 적용 환율의 적정성 (전신환매도율 vs 실제 적용 환율)

2)

특수관계자 간 외화 대차거래와 과세가격 산정 간 연관성

3)

환헤지 거래가 과세가격에 미치는 영향

4)

다통화 결제 구조 하에서의 과세가격 산정 방법
 

4.

국민건강 및 산업 안전 관련 수입요건 정밀 검토

정부의 국민건강 보호, 산업 안전 강화 정책 기조에 따라 식품·의약품·화학물질·기계 설비 등 고위험 품목에 대한 수입요건(인증·검사·표시·안전성 기준 등) 준수 여부와 관련하여 다음과 같은 항목들에 대한 조사가 강화될 것으로 보입니다.
 

1)

식품위생법, 건강기능식품법에 따른 수입식품 안전성 검사 및 표시사항

2)

화학물질관리법, 화학물질등록평가법(K-REACH)에 따른 유해화학물질 수입신고 및 등록

3)

전기용품안전관리법, 어린이제품안전특별법 등에 따른 안전인증·확인

4)

의료기기법, 약사법에 따른 수입허가 및 품목신고
 

5.

2025년 도입된 과세가격 신고자료 일괄제출 제도의 여파

2025. 9. 1.부터 본격 시행된 ‘과세가격 신고자료 일괄제출 제도’는 권리사용료, 생산지원 수수료, 사후귀속이익, 특수관계자 거래 등 과세가격 결정에 영향을 미치는 주요 자료를 수입신고 단계에서 일괄 제출하도록 요구하고 있습니다. 그리고, 2025년 12월 1일부터는 수입물품 가격신고 제도 운영 사항을 개선하기 위해 가격신고서 문항과 서식이 전면 개정되었습니다. 이러한 과세가격 신고자료 일괄제출 제도와 개정 서식의 결합은 향후 관세조사에서 (1) 신고 단계에서 제출한 자료가 기초 자료로 활용되고, (2) 신고 내용과 실제 거래 간 불일치 발견 시 추징 및 가산세 발생 리스크가 증가하므로, 유의할 필요가 있습니다.
 

6.

부가가치세 수정수입세금계산서 발급 운영지침 시행 (2026. 1. 1.)

관세청은 관세조사 과정에서 부가가치세 정정이 이루어질 때마다 수정수입세금계산서 발급 여부를 둘러싼 실무상 혼선이 컸던 점을 해소하기 위해, 2026. 1. 1.부터 ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침’을 시행하고 있습니다. 이 지침은 2026. 1. 1. 가격신고분부터 적용되며, 특히 미발급 대상으로 ‘동일 오류에 대한 반복 추징’을 두고 있어 향후 관세조사에서 동일 오류 반복에 해당한다는 문제 제기가 많이 있을 것으로 예상됩니다.

따라서, 기업들은 과거 관세조사에서 지적된 사항과 같은 유형을 재차 지적 받아 동일 오류 반복에 해당한다고 해석될 리스크가 있는 사항이 있는지 점검하고 관련 리스크를 최소화할 수 있는 사전조치 방안을 검토해 볼 필요가 있습니다. 
 

7.

관세청 정기 덤핑심사제 도입

관세청은 ‘덤핑 회피 차단’을 목표로 정기 덤핑심사제를 도입하였습니다. 최근 관세청은 무역안보 조사 및 정기 외환검사 확대 등을 통해 국경보호 기능을 보다 적극적으로 수행하고 있고, 그런 관점에서 조직, 기능, 역할을 확대하고 있습니다. 정기 덤핑심사제 도입도 그와 궤를 같이 하는 것으로, 기존 덤핑방지관세 부과 품목에 대해 가격 인하, 우회수입 구조, 생산·수출기지 이전 등 덤핑 회피 패턴에 대한 상시적인 모니터링과 정기심사가 확대될 것으로 예상되므로, 관련 물품을 수입하는 기업들은 유의할 필요가 있습니다.
 

8.

관세조사 실무 환경의 변화

최근 관세조사 실무에서 주목할 만한 변화가 나타나고 있습니다. 관련하여, 기업들이 관세조사를 대응함에 있어 참고할 필요가 있는 세 가지 주요 이슈를 정리하면 다음과 같습니다.
 

(1)

세관의 ERP 시스템 접근 요청

관세조사 과정에서 조사 대상 기업의 ERP 시스템에 대한 직접 접근 권한을 요청하고 이를 관철시키려고 하는 사례가 늘어나고 있습니다. 이전에는 기업이 요청받은 자료를 ERP 시스템에서 추출하여 제출하는 방식이 보다 일반적이었으나, 최근에는 세관 조사팀이 SAP, Oracle 등 ERP 시스템에 로그인하여 회계 원장, 거래 내역, 원가 데이터 등을 직접 조회하겠다는 입장을 강하게 취하면서 기업들이 난처한 상황에 처하는 경우가 많아지고 있습니다. 이러한 포괄적인 ERP 직접 접근 및 조회 권한 요청이 관세법에 의해 허용이 되고, 납세자에게 협조할 의무가 있는 것인지 등에 대하여 명백하게 규정된 조항은 없으나, 관세청은 2025. 7. 1.자로 ‘과세자료 확보에 관한 훈령’을 개정하여 ERP 접근권한을 거부하는 경우 ‘과세자료 제출 비협조자’로 지정하고 월별납부 승인 취소 등 통관상 제재를 하겠다는 입장이며, 실무적으로 이를 거부하는 경우 조사 분위기와 조사 결과에 미칠 수 있는 여파 때문에 기업이 느끼는 부담이 상당히 크고 대응의 난이도가 상당히 높아지는 것이 현실입니다. 따라서 기업 입장에서는 ERP 시스템에 대한 직접 접근 권한을 요청 받는 경우 어떻게 대응할 것인지, 접근 권한을 부여하면 관세조사와 관련이 없는 영업비밀이나 개인정보 등과 같은 민감 정보, 조사 범위를 초과하는 정보가 공개되지 않는지 미리 점검해 보고, 이에 대한 대응 방안을 사전에 고민해 보고 마련해 둘 필요가 있습니다.
 

(2)

자료제출 거부에 대한 제재 강화

관세조사 과정에서 자료제출 요청에 대한 거부 또는 지연에 대한 제재(penalty)가 크게 강화되었습니다. 세관의 자료 또는 물품 제출 요구에 불응하는 경우 관세법 제277조에 따라 5천만 원 이하(특수관계자의 과세가격결정자료 제출 불응은 1억 원 이하)의 과태료가 부과될 수 있습니다. 또한, 관세청은 관세조사 운영방향에서 자료제출을 거부하거나 지연하는 기업에 대해 벌금, 과태료 외에 납세, 통관 절차상 제재를 함께 적용하겠다는 방침을 밝힌 바 있습니다. 이는 자료제출 거부 시 사실상 수입통관 과정에서 불이익을 받을 수 있다는 의미로, 관세조사 대응에 있어서 자료제출 전략을 보다 신중하게 수립해야 할 필요성이 커졌습니다. 기업 입장에서는 자료제출 요청의 적법성과 범위를 면밀히 검토하되, 정당한 사유 없이 제출을 거부하는 것은 상당한 리스크를 수반한다는 점을 유의할 필요가 있습니다.
 

(3)

변호사법 개정에 따른 변호사-의뢰인 비밀보호(ACP) 제도 도입

2026. 1. 29. 국회를 통과한 개정 변호사법 제26조의2는 관세조사 대응에 있어서 매우 중요한 의미를 갖습니다. 이른바 ‘변호사-의뢰인 비밀보호 특권’(Attorney-Client Privilege, ACP)이 우리 법체계에 도입된 것입니다. 개정법에 따르면, 변호사와 의뢰인 사이의 법률자문 목적 비밀 의사교환 및 소송·수사·조사를 위하여 작성된 서류는 정부기관의 조사 과정에서 공개를 거부할 수 있도록 하고 있습니다. 이 법은 공포 후 1년 뒤인 2027. 2. 20.부터 시행되지만, 시행일 이전에 이루어진 의사교환 및 작성된 서류에도 소급 적용된다는 점이 특히 주목할 만합니다.

다만, ACP가 적용되지 않는 예외 사유도 있습니다. 의뢰인이 승낙한 경우, 변호사와 의뢰인 사이에 공범관계가 있는 경우, 위법행위에 사용된 경우, 공익상 필요가 인정되는 경우, 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우에는 비밀보호가 적용되지 않습니다. 그럼에도 불구하고, 변호사-의뢰인 비밀보호 특권(ACP)에 따라, 기업이 변호사와 주고받은 법률자문과 그 과정에서 작성된 자료는 관세조사 과정에서 세관이 자료제출 요구를 하더라도 제출을 거부할 수 있고, 반대로 일단 제출하면 더 이상 비밀성이 유지되지 않으므로 다른 정부기관의 조사에서도 더 이상 ACP를 주장할 수 없게 되는 일이 생길 수 있습니다. 따라서, 기업들은 이러한 새로운 ACP 제도를 염두에 두고 향후 관세조사에 대비하고 실제 관세조사에 대응하는 전략을 미리 점검하고 검토해 볼 필요가 있습니다. 
 

9.

시사점 – 관세청 관세조사에 대한 기업들의 대응 전략

2026년에도 관세청은 정기 및 비정기 관세조사를 통하여 수출입 기업들에 대한 관세, 외환 compliance 점검을 강화할 것으로 보입니다. 따라서 기업들은 관세, 외환 compliance를 담당하는 부서에 대한 내부 통제 시스템을 강화할 필요가 있고, 주기적인 점검을 통해 관세조사 이전에 법적, 재무적 리스크와 개선점을 확인하고 예방적인 조치를 취할 필요가 있습니다.