최근 김·장 법률사무소가 대리한 사건에서 장애인고용부담금이 법인세법상 손금에 산입되는 공과금에 해당한다는 대법원 판결이 선고되었습니다(대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결, 이하 ‘대상판결’). 

그동안 기업들은 구 장애인고용촉진 및 직업재활법(이하 “구 장애인고용법”) 제33조에 따른 장애인고용부담금이 구 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금이라는 기획재정부의 유권해석에 따라, 장애인고용부담금을 손금불산입하여 법인세를 신고·납부하여 왔습니다. 그러나 대상판결은 기획재정부 유권해석에도 불구하고 장애인고용부담금이 구 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금이 아니라고 판단하였다는 점에서 의미가 큽니다. 

대법원은 장애인고용부담금이 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 더 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고 볼 수 없어 결과적으로 구 법인세법 제21조 제5호가 손금불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고 볼 수 없다고 판단하였습니다. 대법원은 그 판단의 구체적 근거로, 공과금이 위 규정의 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석되어야 하는 점, 장애인고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 속성을 지니는 점, 고의 또는 과실 등 책임요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생하는 것으로서 장애인고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무라는 점 등을 상세하게 설시하였습니다. 

대상판결에 따라, 그동안 장애인고용부담금을 손금불산입하여 법인세를 신고·납부한 기업은 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년) 내 법인세에 대하여 경정청구하여 환급받는 방안을 검토할 수 있습니다. 또한 위 대상판결이 상세히 설시한 법리는 기업들이 부담하는 각종 부담금에 대한 손금산입 여부의 판단에도 참고가 될 수 있을 것으로 보입니다.

다만, 대상판결에서 문제된 법인세법 제21조 제5호는 2025 사업연도부터 그 문언이 개정되었다는 점에서 유의할 필요가 있습니다. 
 

대상판결은 장애인고용부담금이 '법령에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로’ 부과되는  공과금이라는 점 자체는 인정하면서도 그것이 ‘제재로서 부과되는 공과금’은 아니라고 판단하였는데, 현행법은 바로 이 '제재로서'라는 부분을 삭제하고 '이유로'라는 문언으로 개정한 것입니다. 따라서 현행 법인세법 제21조 제5호가 적용되는 2025 사업연도부터는 위 대법원 판결의 논리에 따르더라도 장애인고용부담금이 손금불산입 대상이라고 판단될 가능성이 존재합니다. 따라서 2025 사업연도 이후 장애인고용부담금이 손금불산입 대상 공과금인지 여부에 관하여는 추가적인 해석론이나 헌법 위반 등에 관한 면밀한 검토와 더불어 과세관청의 해석 동향에 대한 지속적인 모니터링이 필요할 것으로 보입니다. 
 

[영문] Supreme Court Decision on the Tax Deductibility of Disability Employment Levy