최근 국내 미등록 특허권 사용료가 한-미 조세조약상 국내원천소득에 해당하는지 여부와 관련하여 중요한 대법원 판결(대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결)이 선고되어, 미국에 지급하는 특허권 사용료에 대한 세무 실무에 큰 변화가 예상되고 있습니다. 본 뉴스레터에서는 이번 판결의 주요 내용과 실무상 시사점에 대해 안내해 드리고자 합니다.

한-미 조세조약은 대한민국이 다른 나라들과 체결한 조세조약들과는 달리, 사용료 소득의 원천에 대해 ‘지급지주의’가 아닌 ‘사용지주의’를 채택하여 어느 체약국 내에서 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다는 규정을 두고 있습니다. 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관하여, 그동안 대법원은 ‘특허권의 국내 등록 여부’에 따라 사용 여부를 판단하여야 하므로 국내 미등록 특허권 사용료는 국내원천소득이 아니라고 보아왔으나, 이번 전원합의체 판결로 이러한 해석이 변경되었습니다.

기존 대법원 판결(대법원 2016두42883 판결 등 다수)은 특허권의 경우 특허권 속지주의 원칙에 따라 그 ‘사용’은 ‘사실상 사용’이 아니라 ‘특허권의 독점적 효력이 미치는 범위 내에서의 실시’라는 관점에서 국내 ‘사용’ 여부를 판단하였습니다. 이에 특허권은 등록된 국가 내에서만 효력을 가지므로 국내 미등록 특허권의 경우 국내 ‘사용’을 관념할 수 없어 한-미 조세조약상 국내원천소득에 해당하지 않는다는 입장이었습니다.

그러나 이번 대법원 전원합의체 판결은 한-미 조세조약상 ‘사용’의 의미를 정의하고 있지 않는 이상 국내 법인세법에 따라 ‘사용’의 의미를 해석하여야 한다고 판단하였습니다. 구 법인세법 제93조제8호 후문(현행 법인세법 제93조제8호 다목)에서 특허권의 경우 그 ‘사용’은 특허권의 대상이 되는 특허기술의 사용으로 정하고 있으므로, 국내 미등록 특허권이라 하더라도 그 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료 소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하면서 기존 입장을 변경하여 종래 법리를 폐기하였습니다.

이번 대법원 전원합의체 판결은 국내 미등록 특허권의 사용료에 대한 세무 실무에 있어 중요한 전환점을 제시한 것으로 평가됩니다. 향후 내국법인이 미국 특허권자에게 지급하는 국내 미등록 특허권 사용료가 문제 되는 경우, 특허권의 대상인 특허기술이 실제 ‘국내에서 사용’되었는지 여부가 우선 문제가 될 수 있습니다. 또한, 실제 국내에서 사용되었다고 하더라도 사용료 총액 중 어느 범위까지 특허기술의 국내 사용에 대한 ‘대가’로 보아야 하는지에 대한 사용료 산정이 문제가 될 수 있습니다. 

이에 따라 한국 라이센시와 미국 라이센서 간의 관련 사용료 계약 체결 시에는 특허 사용료 계약상 원천징수 관련 조항을 사전에 면밀하게 검토하는 것이 필요하고, 나아가 상호합의절차 등 대안적인 조세분쟁 해결절차를 모색할 필요가 있습니다.