세무조사 중 자료제출의무 위반에 대한 이행강제금 제도를 도입하는 국세기본법 개정안이 2025. 3. 14. 자로 공포되었으며, 부과 기준 및 절차 등을 정한 시행령 개정안이 2025. 6. 2. 자로 공포되었습니다.

이번 법 개정은 기존 과태료 규정의 경우 부과 한도가 낮고 반복 부과가 어려워 다국적 기업들의 세무조사 협조를 끌어내는데 충분하지 않다는 의견에서 시작된 것으로, 이행강제금의 부과를 통하여 다국적 기업을 포함한 납세자들의 세무조사 자료제출의무 이행을 확보하기 위한 것으로 그 이유를 들고 있습니다.

지금까지 과세당국은 세무조사 중 자료 미제출에 대하여 국세기본법의 세무공무원의 질문조사 거부/기피 관련 과태료(최대 5천만 원), 국제조세조정에관한법률에 따른 국제거래 관련 자료제출의무 불이행에 대한 과태료(최대 3억 원)를 적용하여 왔습니다. 다만, 이러한 과태료는 동일 세무조사에서 한 번만 부과할 수 있고, 반복적으로 부과할 수 없었습니다.

이번에 신설된 이행강제금 제도는 의무이행 지연 기간에 따라 이행강제금이 한도 없이 계속 늘어날 수 있다는 점에서 기존 과태료와 큰 차이가 있습니다. 신설 규정을 살펴보면, 납세자가 세무조사 과정에서 정당한 사유 없이 장부 등 제출의무를 이행기간 내에 이행하지 아니하는 경우, 이행 기한이 지난날부터 1일당 대통령령으로 정하는 1일 평균수입금액(직전 3개 과세기간 법인세 과세표준신고서상 수입금액 일 평균액 등)에 아래의 부과비율을 적용하여 매 30일 이행강제금을 부과할 수 있도록 정하였으며, 이행강제금 부과 기간을 납세자가 제출해야 하는 장부 등을 전부 제출한 날(장부 등을 전부 제출하기 전에 세무조사가 종료되는 경우에는 세무조사가 종료된 날)의 전날까지로 정하여 장부 등이 전부 제출되거나 세무조사가 종료되기 전까지는 이행강제금 액수가 계속 늘어나도록 규정되어 있습니다.
 

이러한 이행강제금은 기존 과태료와는 다르게 부과 한도나 횟수 제한 없이 부과될 수 있다는 점 외에도, 과세당국이 직접 산정∙부과하는 과태료와는 다르게 별도의 이행강제금심의위원회 심의를 거쳐 부과된다는 점, 민사법원을 통해 취소를 청구할 수 있었던 과태료와는 다르게 행정심판을 거쳐 행정소송으로 다투어야 하는 점에서도 기존 과태료와는 차이점이 존재합니다.

이번 개정안은 어떠한 경우에 이행강제금을 부과할 수 있는지 등에 대하여 일반규정만을 두고 있어서, 예를 들어 세법상 비치 의무가 없는 서류 또는 요청받은 자료가 존재하지 않거나 수집∙작성에 많은 시간과 노력이 드는 자료 등에 대해서도 이행강제금이 부과될 수 있는지 등의 구체적인 사항에 대해서는 별도로 정하고 있는 바가 없습니다. 따라서, 이행강제금의 부과 등에 관해서는 향후 제도 운영 과정 및 이행강제금 규정에 대한 판례 형성 등을 지켜보아야 할 것으로 생각됩니다. 

이러한 이행강제금 제도는 2025. 9. 15. 이후 시작된 세무조사부터 적용되도록 규정하고 있으므로, 위 시행 시기 이후 세무조사를 받는 납세자들은 특히 유의할 필요가 있습니다.