본문 바로가기
메뉴
뉴스레터

2025년 세법 및 시행령 개정사항의 주요 내용

2025.04.07

2024년 12월 국회 본회의를 통과한 개정 세법의 후속조치로 개정 세법 시행령이 2025. 2. 28. 자로 공포되어 시행되었습니다. 아울러 이행강제금 제도 신설 등을 담은 세법개정법률안이 2025. 2. 27. 자로 국회에서 통과되어 2025. 3. 14. 자로 공포되었습니다.

확정 공포된 세법 및 시행령 개정사항 중 납세자 입장에서 주목할 만한 주요 내용을 다음과 같이 요약하여 소개해 드립니다.
 

1.

국세기본법
 

(1)

세무조사 자료제출 의무위반에 대한 이행강제금 제도 신설(‘국세기본법’ 제85조의7, 제85조의8)

국세행정 운용의 효율성 제고를 위하여 세무조사 자료제출 의무위반에 대한 이행강제금 제도를 신설하여, 세무조사 과정에서 해당 장부·서류 등을 정당한 사유없이 미제출하는 자를 대상으로 자료 제출에 필요한 상당한 이행기한(최소 30일)을 사전통지한 후, 이행기한 도과일로부터 1일당 1일 평균 수입금액의 0.3% 이내(금액산정이 곤란한 경우에는 1일당 500만원 이내)의 이행강제금을 부과하되, 이행노력·불이행 사유 등을 고려하여 부과액의 50% 이내 감경 또는 면제가 가능하도록 하였습니다. 이러한 이행강제금 제도는 2025. 9. 15. 이후 시작된 세무조사에서 장부등의 제출 의무를 정당한 사유 없이 이행하지 아니한 경우부터 적용됩니다.
 

2.

국제조세
 

(1)

국내원천 인적용역소득 비과세∙면제 신청서 및 지급명세서 제출 의무화 (‘소득세법’ 제156조의2, ‘법인세법’ 제98조의4)

국내원천 인적용역소득은 기존에는 국내원천 사업소득과 함께 비과세∙면제 신청서 신청의무 및 지급명세서 제출의무가 면제되었으나, 국내원천 인적용역소득에 대한 세원 관리 강화를 위해 인적용역소득에 대한 비과세∙면제 신청서 신청 및 지급명세서 제출을 의무화하였습니다. 개정규정은 2026. 1. 1. 이후 지급하는 분부터 적용됩니다. 
 

(2)

정상가격 조정에 따른 경정청구 합리화 (‘국제조세조정에 관한 법률’ 제6조)

국제거래에 대한 적정 과세 기반 마련을 위해, (1) 정상가격 조정에 따른 경정청구 시 제출이 필요한 자료에 정상가격 산출방법의 적정성을 입증하는 서류를 추가하고(기존에는 거래가격 조정 신고서만 열거), (2) 경정의 기한을 청구를 받은 날부터 6개월 이내로 연장하며(기존에는 청구를 받은 날부터 2개월 이내), (3) 경정 관련 자료 보완 규정을 신설하여 제출자료 미비 시 30일 이내 범위에서 보완요구가 가능하도록 하며, 이 때 자료 보완 기간은 경정 기한 산정에서 제외하도록 하였습니다. 개정규정은 2025. 1. 1. 이후 경정청구분에 대하여 적용됩니다. 
 

3.

법인세제
 

(1)

국가전략기술 등 R&D 세액공제·통합투자세액공제 적용기한 연장 (‘조세특례제한법’ 제10조, 제24조)

전략산업의 경쟁력 강화를 위해 국가전략기술 및 신성장∙원천기술에 대한R&D세액공제의 적용기한을 기존 2024. 12. 31.에서 2029. 12. 31.로 연장하였으며(반도체 분야는 2031. 12. 31.로 연장), 국가전략기술에 대한 사업화시설투자 관련 통합투자세액공제의 적용기한을 기존 2024. 12. 31.에서 2029. 12. 31.로 연장하였습니다(신성장∙원천기술에 대한 사업화 시설 투자의 경우에는 별도 기한 적용 없이 통합투자세액공제가 적용 가능합니다). 
 

4.

소득세제
 

(1)

종업원 할인혜택 비과세 금액 한도 및 재판매 금지기간 규정 (‘소득세법’ 시행령 제17조의5)

종업원 할인금액에 대한 비과세 기준을 마련하여, 종업원 할인혜택 비과세 금액은 시가의 20%와 연 240만원 중 큰 금액(연간 구입한 모든 재화∙용역의 시가를 합산)으로 하고, 비과세 적용을 위한 요건으로 일정기간 재판매 금지기간을 두어 자동차∙대형가전∙고가재화 등은 2년, 그 외 재화는 1년으로 재판매 금지기간을 규정하였습니다. 개정규정은 2025. 1. 1. 이후 발생하는 소득 분부터 적용됩니다.
 

(2)

종업원 할인혜택 대상이 되는 근로소득 범위 규정 (‘소득세법’ 시행령 제38조제3항)

근로소득에 해당하는 종업원 할인혜택의 유형을 ①자사가 생산∙공급하는 재화∙용역을 임원등에게 시가보다 낮은 가격으로 판매하는 경우, ②자사가 생산∙공급하는 재화∙용역의 구입을 지원하기 위해 임원등에게 지원금을 지급하는 경우, ③계열사가 생산∙공급하는 재화∙용역의 구입을 지원하기 위해 자사가 자사의 임원등에게 지원금을 지급하는 경우, ④계열사가 생산∙공급하는 재화∙용역을 자사 임원등에게 시가보다 낮은 가격으로 판매하고 자사가 임원등이 할인받은 금액을 계열사에 지급하여 주는 경우로 정하고, 시가의 판단기준은 법인세법 시행령 제89조에 따른 시가의 범위로 하되 일반소비자에게 판매가 불가능하거나 해당 종업원이 아니면 판매하기 어려운 경우에는 할인금액을 시가로 인정하도록 하였습니다. 개정규정은 2025. 1. 1. 이후 발생하는 소득 분부터 적용됩니다.
 

(3)

거주자 판정기준 보완 (‘소득세법’ 시행령 제4조)

거주자의 정의에 있어 기존에는 1과세기간 중 183일 이상의 거소를 둔 개인을 거주자로 보았으나 개정규정에서는 직전 과세기간을 고려하여 계속하여 183일 이상 거소를 둔 경우도 거주자의 정의에 포함하였으며, 거주기간으로 인정되는 일시적 출국 사유의 구체적인 범위를 시행규칙으로 위임하여 거주자 판정기준을 합리화하였습니다. 개정규정은 거소기간 계산에 관해서는 시행령 시행일이 속하는 과세기간부터 적용되고, 거주자 정의에 관해서는 2026. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간부터 적용됩니다. 
 

5.

부가가치세제
 

(1)

판매·결제대행 자료 제출 대상 확대 (‘부가가치세법’ 제75조제1항, 시행령 제121조제1항)

세원투명성 제고를 위해 판매·결제대행 자료 제출 대상 사업자를 기존 국내플랫폼사(통신판매중개업자, 결제대행업체 등)에서 국외플랫폼사(통신판매중개 및 결제대행 사업 등과 유사한 사업을 수행하는 비거주자·외국법인)를 포함하는 것으로 확대하였으며, 판매·결제대행 자료 제출 대상 사업자의 범위에 앱 마켓사업자(‘전기통신사업법’ 제2조제13항에 따라 부가통신역무를 제공하는 사업 중 모바일콘텐츠 등을 등록·판매하고 이용자가 모바일콘텐츠 등을 구매할 수 있도록 거래를 중개하는 사업을 하는 자)를 추가하였습니다. 개정규정은 2025. 7. 1. 이후 판매 또는 결제를 대행하거나 중개하는 분부터 적용됩니다.

공유하기

레이어 닫기

관련 구성원

레이어 닫기

관련 구성원

레이어 닫기